第零章：
　かつて世界の敵となった最愛の師を殺した伝説の傭兵、ビッグボス。
　彼の組織が世界を裏から牛耳る「愛国者達」の一員であるスカルフェイスに壊滅させられる。

第一章：
　昏睡状態から目覚めたビッグボスは、組織「アウターヘブン」を一から作り直してスカルフェイスへの報復を企てる。
　スカルフェイスは言語により標的を識別する寄生虫兵器「声帯虫」を用いた民族浄化を企てていた。
　スカルフェイスの陰謀を打破し、彼を殺害する。

第二章：
　ビッグボスが戦いの中で匿うことになる、少年兵イーライ。
　イーライはイーライの信念のためビッグボスを裏切り、「声帯虫」を手に入れて少年兵の国「蠅の王国」を発足。
　決戦後、ビッグボスはイーライ自身が「声帯虫」の被害を受けてもう長くないことを知り、彼を見逃して「蠅の王国」を後にする。