敵は地球防衛軍5（前作）で倒したはずだったが歴史改変する技術を持っており、過去から軍隊を連れて襲撃してくる
仲間の1人のプロフェッサー（既に記憶を持ったまま何十回もループ済み）が敵の時間軸を移動する装置を破壊してその中心にいれば記憶を持ったまま登録された時代へ戻れる事を主人公に伝えて主人公もループ開始
地球防衛軍5の時代へ戻り、再び歴史の分岐点まで戦ってこちら側から歴史を修正していく

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