ホグワーツ５年生となったハリーを出迎えたのは、魔法省大臣コーネリウス・ファッジが送り込んだ新任教師ドローレス・アンブリッジ。彼女の指導する“魔法省お墨つき”の授業は座学のみで、ホグワーツに迫り来る闇の魔術に対しては不十分であった。ロンとハーマイオニーに説得されたハリーは、有志を募ってダンブルドア軍団を結成。厳しい監視の目をかいくぐりながら、きたるべき壮大な決戦に備え秘密の訓練を開始する。