花粉症、喘息、アトピーの方に片頭痛が多い事が報告されており、アレルギー性疾患の原因となるヒスタミンが片頭痛に悪影響を及ぼしていると考えられています。 アレルギーの薬である抗ヒスタミン薬のシプロヘプタジン（ペリアクチン（R））や抗ロイコトリエン薬のプランルカストを頭痛の予防を期待して併用する場合もあります。